摘要：目的:结合ISSR分子标记与金钱草主要代谢产物标记对贵州省共21份野生金钱草资源的遗传多样性进行分析,为其驯化种植及遗传改良提供理论依据。方法:以金钱草基因组DNA为模板,以优化的PCR体系筛选出引物进行ISSR标记扩增,应用NTsys 2.10e软件,对所得数据进行分析处理,并采用高效液相色谱法测定了主要代谢产物槲皮素和山柰素的含量,使用SPSS 19.0软件对测定数据进行统计分析与绘制聚类图。结果:用筛选出的15条ISSR引物共扩增出105条多态性条带,多态性条带占比达98.1%,各金钱草种质资源之间的遗传相似性系数范围在0.598 1~0.953 3之间,地理位置相距越近,遗传相似性越高,不同资源的槲皮素和山柰素含量差异较大,ISSR标记的聚类将21份金钱草资源分为2大类群6个亚群,代谢产物标记的聚类将其分为2大类群5个亚群。结论:贵州野生金钱草具有丰富的遗传多样性,应用ISSR及代谢产物槲皮素和山柰素标记均能较好地对金钱草资源进行聚类,但聚类结果存在差异,其亲缘关系与地理位置呈现一定的关联性。