基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息

作者:李元; 丰磊; 吴玲惠; 舒青龙 江西中医药大学; 生命科学学院; 南昌330004

摘要:根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错。本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息。通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息。本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考。

注:因版权方要求,不能公开全文,如需全文,请咨询杂志社

生物信息学

统计源期刊 下单

国际刊号:1672-5565

国内刊号:23-1513/Q

杂志详情
相关热门期刊

服务介绍LITERATURE

正规发表流程 全程指导

多年专注期刊服务,熟悉发表政策,投稿全程指导。因为专注所以专业。

保障正刊 双刊号

推荐期刊保障正刊,评职认可,企业资质合规可查。

用户信息严格保密

诚信服务,签订协议,严格保密用户信息,提供正规票据。

不成功可退款

如果发表不成功可退款或转刊。资金受第三方支付宝监管,安全放心。