摘要：目的分析云南省2例人感染H5N6禽流感病毒的基因特征,为将来的H5N6流感病毒的预防和控制提供科学依据。方法采集云南省2例肺炎患者的咽拭子以及居住地禽类相关外环境标本,进行禽流感病毒H5N6的基因检测,并将阳性标本进行高通量测序以获得全基因组序列。利用MEGA软件进行序列比对,分析H5N6禽流感病毒HA基因的功能性位点变异情况,并构建HA基因系统发育树进行分析。结果全基因组序列分析结果显示,云南省2例人感染H5N6禽病毒的8个基因片段序列同源性为98.5%~100.0%之间,与四川省、广东省的人感染H5N6禽流感病毒基因比对分析发现,除NP基因外,其他7个片段均有功能性位点的差异,导致其受体特异性改变、病毒毒力增强及耐药性改变。HA基因进化树分析显示,云南株、四川株及广州株同属于H5亚型2.3.4分支中的2.3.4.4亚支,云南省内外环境分离的6株禽类H5N6病毒与云南省2例人H5N6病毒及广州株有一定的亲缘关系,归于同一大簇。四川株与云南株及广州株有一定的遗传距离。结论云南省H5N6禽流感病毒在遗传中存在着多样性和复杂性,病毒基因功能性位点的变异可以是引起禽流感病毒跨种传播的机制之一。因此,应动态监测活禽市场中的禽流感病毒的分布情况及基因变异特征,为研究禽流感病毒跨种传播提供研究资料,同时为云南省禽流感病毒的防控提供科学依据。